La configuración de Apache, ya que imagino que Virtualmin trabaja con Apache, la puedes ver si no me equivoco desde el propio panel.
Desde la sección webmin > servers > Apache web server
Allí mismo puedes abrir todos los archivos de configuración de Apache para ver si hay algo mal.
Los dominios que están alojados en el servidor tienen también un archivo de configuración, en el que debería aparecer la ruta del directorio donde se guardan los archivos de la web. Fíjate que esté correcta y no se haya colocado en el segundo dominio el mismo espacio de archivos que en el primero.
Si tienes dudas, copia los archivos de configuración, para que podamos ver los valores y así podríamos darte una respuesta más detallada.
Suerte!
Miguel Angel
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