Sí, es verdad, esa opción está un poco escondida en GIMP, pero afortunadamente se puede hacer de manera casi tan sencilla como Photoshop.
Para seleccionar el área visible de una capa tienes que acceder al menú contextual de la ventana de capas (clic derecho sobre la capa de la que deseas seleccionar su contorno) y eliges la opción "Alpha a Selección".
Esa misma tarea la puedes realizar, estando con la capa activa que deseas seleccionar su área, desde el menú: Capa / Transparencia / Alpha a Selección.
Si tienes GIMP en inglés la opción la debes encontrar con el texto "Alpha to Selection".
Espero que eso te ayude!