Ademas de lo ya comentado anteriormente, te sugiero que desarrolles tu proyecto en PHP y algunas rutinas o Scripts los generes en Java, para que puedas usarlos desde PHP y complementarlo.
De esa manera desarrollo yo. Claro ademas los costos de servidores(Hosting) para alojar tu proyecto en PHP son mucho mas economicos que en JAVA
Mi consejo es que lo hagas en Java, es más complejo y tiene más de Proyecto que hecho en PHP. Además el software de ingeniería de software está más orientado a Java que a PHP y en la memoría del Proyecto tendrás que mostrar los diagramas en UML de la aplicación, por lo menos en la Universidad de Málaga (España).
Por otro lado, el proyecto fin de carrera se supone que es algo que te va a servir para luego enfrentarte al mercado laboral, no sé tu experiencia, pero sino tienes, te recomiendo que lo hagas en Java, que por lo menos por aquí es lo que más se demanda.
Espero que te haya sido de ayuda.
¿Hemos de suponer que tu carrera es de ingeniería informática o ingeniería de software, o de "contenidos multimedia"? ¿Porqué preguntas por Java vs. PHP... porque has "leído por ahí" que te irían bien, o porque sabes programar con ambos?
Además de una respuesta a estas preguntas, también es necesario saber el objeto de tu aplicación web y sus objetivos principales, tal como apuntó el primer comentarista a tu pregunta.
En fin, que si no das más detalles no se te podrá ayudar mucho ;)
y por cierto, yo llevo programando aplicaciones web en PHP desde hace más de 7 años y no me ha hecho falta para nada el Java ;) Y cómo ha dicho otro comentarista: los requisitos de servidor son los más económicos.
Ah, y ya puestos a dar consejos: si vas a trabajar con PHP tendrás que mirarte algo de MySQL, porque es el compañero perfecto :)
Suerte!
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