En realidad no sé si es normal que tengas más de un php.ini en tu ordenador, pero en cualquier caso, localizar el php.ini que se está funcionando es muy sencillo, pues lo puedes saber a través de la función phpinfo(). Te explico cómo hacerlo.
Primero, crea un archivo en tu servidor que tenga el siguiente código PHP:
<?php
phpinfo();
?>
Ese archivo lo guardas en cualquier lugar del directorio de publicación de tu servidor, con cualquier nombre, por ejemplo phpinfo.php. Con tal que puedas acceder a ese archivo desde tu servidor web, con una dirección como algo como http://www.tudominio.com/phpinfo.php o bien http://localhost/phpinfo.php.
Ahora, al acceder a esa página, verás que te aparece una lista de características del PHP que tienes instalado en tu servidor. En toda esa lista de datos que te muestra, tienes que localizar un dato que está marcado como "Loaded Configuration File". Al lado verás la ruta donde está el archivo php.ini que se ha cargado para configurar PHP. La ruta será algo como:
C:\wamp\bin\apache\apache2.2.8\bin\php.ini
Así que ya lo tendrás localizado en tu disco duro y podrás editar el php.ini con la certeza de estar tocando el archivo correcto.