Esto lo puedes hacer con Javascript perfectamente. Lo tenemos explicado en la URL:
http://www.desarrolloweb.com/articulos/rotacion-banners-javascript.html
En ese artículo se encuentra explicado la rotación de un banner de tipo imagen. Aunque también tenemos un código para rotar banners de cualquier tipo, como Flash o banners HTML.
http://www.desarrolloweb.com/articulos/rotacion-banners-dhtml-capas-javascript.html
Ahora bien, te quiero hacer notar que muchos de los sistemas de afiliación y de las agencias de publicidad no ven con buenos ojos que un banner se recargue en la misma página, si es que el usuario no vuelve a entrar en la página de nuevo por él sólo.