Capas no es un concepto propio de CSS, pero sí del diseño en general.
Las capas es algo que se ve mucho en los programas de diseño. Son las distintas partes de un diseño que pueden superponerse unas a otras. No siempre es así, pueden estar unas al lado de otras pero si hablamos de capas se entienden que también pueden superponerse, indicando cuál se coloca arriba y cuál abajo.
En CSS también podemos conseguir elementos que se coloquen unos encima de otros, si tienen posicionamiento CSS particular como absolute, fixed. De todos modos, el concepto que se maneja en CSS es más bien el de elemento, haciendo referencia a los elementos a los que aplicamos estilo, que son las propias etiquetas del HTML.
Marcos
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